Каким образом в этом случае следует рассчитывать неустойку (пени, штрафы)?

В соответствии с пунктом 1 части 9 статьи 68 Закона № 44-ФЗ участник аукциона не вправе подать предложение о цене контракта, равное нулю. Частью 23 статьи 68 Закона № 44-ФЗ предусмотрено, что «в случае, если при проведении электронного аукциона цена контракта снижена до половины процента начальной (максимальной) цены контракта или ниже, такой аукцион проводится на право заключить контракт. При этом такой аукцион проводится путем повышения цены контракта». Неустойка должна взыскиваться с поставщика (подрядчика, исполнителя) от значения цены, предложенной участником за право заключения контракта. Аналогичный вывод содержится в письме Минэкономразвития России от 22 июня 2015 г. № Д28и-1790.